随着《醒来》的大结局落幕，欧豪、冯绍峰、古力娜扎、江疏影、梁洁等演员交织展现出的精彩表演，将这个谍战剧的悲惨气氛推向了巅峰。故事中多条暗线在最后两集中汇聚爆发，角色们的命运没有丝毫的圆满，而每一个倒下的身影，都承载着沉重的情感。

开头，杜黄桥在家庭聚会上宴请了陈开来，紧接着，剧情迅速转折，杨小仙被捕，为了救杜黄桥受了重伤，最终在他的怀抱中离世。她的死让杜黄桥陷入绝望，他将杨小仙的遗体放在客厅，并全面追捕与飓风队及地下党相关的人。第一个被捕的莫过于陈开来，他被悬挂在76号的房梁上遭受酷刑，因为杜黄桥认为是他泄密致使杨小仙遇难。在面临生死的关键时刻，杜黄桥透过陈开来的伤痕突然想起以往师徒间的情谊，松开了绳索。然而，从此他的内心一片冰冷，人性的最后一丝温暖随杨小仙的死去而彻底消失。

与此同时，叛徒陆小光重返上海，他不仅出卖了自己的前任“断桥”李木胜逼其自尽，还当面揭露了陈开来的真实身份。为保全陈开来，赵前果断杀死了陆小光，并将追兵引向自己。在交火中，他激怒杜黄桥，直到最后倒在血泊中，也未能向沈克希表达他隐藏已久的爱意，连同共同的梦想也随之破灭。陈开来赶到时，为他拍下唯一的一张照片，定格了这段凄美的情感。

许多人期待的金宝身份暴露，飓风队的藏身地被杜黄桥锁定，所有人都认为是冯少的背叛，至临了最后一刻，才惊觉冯少早已在准备离开，却故意引开杜黄桥的注意，想为金宝争取撤离的时间，终究被残忍杀害。他的沉默与遗憾变成了金宝的泪水，打湿了青石板。金宝在冯少的尸首旁痛哭，然她很快与陶大春设下圈套，在高层聚会的酒店中布下炸药。在一次合影的掩护之下，炸响了整个宴会厅，重创了敌军。杜黄桥疯狂地朝着金宝冲去，却被她的同伴狙击，金宝最终身受重伤，跳下楼顶时被陈开来接住，但也在最后一刻失去了生命。

此外，在细菌实验室中，沈克希运用计策破解星野并重创，在强酸的折磨下仍坚韧不屈，默默传递情报。最后她和郑佳勋合力击毙星野，却也在奋战中双双倒下。陈开来顺利获得病毒样本，从那场惨烈的冲突中逃离，重重杀戮和牺牲汇聚成了悲壮的篇章。

整部剧最大的反转落在了苏门身上，她与陈开来联手揭露特务苍广连，然而一颗特殊的子弹引起了众人的怀疑。为了掩护自己，苏门展现出卓越的应变能力，暂时化解了危机，但潜伏的威胁仍在暗流涌动。崔恩熙见状，决定为苏门舍命，她毫不犹豫地扑到了苏门面前，挡下了全部子弹，直至生命尽头也没放开她。好在关键时刻，军统的人及时赶到，将苏门救走，之后她彻底消失，连陈开来也无法得知她的去向。